В Торжке до 1917 года существовало три домовые церкви во имя святого благоверного князя Александра Невского. История строительства одной из них – при Новоторжской учительской семинарии — описана в исторической записке П. Е. Лебедева «Двадцатипятилетие Новоторжской учительской семинарии в городе Торжке (1875 – 1900)», Тверь, Типография Губернского Правления, 1900 г.
Вопрос о создании храма при учительской семинарии встал с момента её открытия в 1875 году. Были выделены деньги, но по неизвестным причинам проект не был реализован.
В 1882 году здание семинарии сгорело, сразу же началось строительство нового, и в новом здании было решено обустроить домовую церковь. Это было необходимым, так как, по словам директора семинарии, «воспитанникам приходилось в любую погоду ходить в ближайшую приходскую церковь (Ильинскую), отстоящую довольно далеко от семинарии.
В церкви бывало много народа, вследствие сего воспитанники были стеснены, они не могли принимать такого деятельного участия в чтении и пении, как в своей церкви». Строительство продвигалось медленно в связи с нехваткой денег и бюрократической волокитой.
Вопрос решился неожиданно. На новый храм 10 000 рублей дал новоторжский купец первой гильдии, потомственный почётный гражданин Василий Александрович Козьминых-Ланин, у которого недавно от чёрной оспы умер сын Василий.
Директор семинарии А. Г. Баранов написал родителям письмо, в котором предложил почтить память их сына участием в устройстве домовой церкви в память покойного сына при строящемся здании семинарии. Храм предполагалось освятить во имя Василия Великого. По уставу семинарии в ней может быть церковь, настоятелем которой состоит законоучитель семинарии, должность псаломщика может исполнять воспитанник семинарии.
Купец согласился пожертвовать на храм 10 000 рублей с несколькими условиями:
1) Что храм будет освящён во имя преподобного Василия, в честь которого были названы отец и сын Козьминых.
2) Чтобы в храме во время служб совершалось поминовение отрока Василия и его усопших родственников.
Этот ответ положил начало новому храму. Министр народного просвещения дал разрешение принять пожертвование, а купцу В. А. Козьминых была объявлена признательность министерства. Было получено разрешение архиепископа Тверского и Кашинского Савву на устройство домовой церкви «во имя преподобного Василия и святого благоверного и великого князя Александра Невского».
Имя Александра Невского Баранов присоединил с согласия Козьминых, чтобы почтить память царя-освободителя Александра Второго. На такое решение директора повлияло, видимо, то, что он сам был крепостным до 15 лет. Согласие было получено, к работе по устройству храма приступили, и дело двигалось быстро.
Освящение храма состоялось 4 октября 1885 года. Проводил освящение архимандрит Борисоглебского монастыря Антоний. Ради такого торжества в семинарию прибыл помощник попечителя МУО. После освящения присутствующие были приглашены в дом Козьминых на торжественный обед.
Храм находился на втором этаже каменного здания семинарии. Вход в него был устроен с парадного крыльца. Стены были окрашены в бирюзовый цвет. Иконостас был сделан под мрамор. Иконы располагались в один ряд. Шесть икон были написаны ко времени освящения храма. Впоследствии разными лицами было пожертвовано ещё несколько икон. Главные святыни храма – икона Казанской Божьей матери и частица мощей св. Иоанна Предтечи – пожертвовал дворянин Николай Сергеевич Львов. Икона принадлежала его отцу –предводителю Новоторжского дворянства Сергею Дмитриевичу Львову, который получил её в благословение от архиепископа Тверского Гавриила. Все священные сосуды и другие церковные принадлежности блестели золотом и отличались богатством, редко доступным даже для соборов и приходских церквей. Например, фелонь с епитрахилью была сделана из покрова, который находился на гробе другого усопшего сына Козьминых Павла, ценность этих предметов составляла около 800 рублей. Для сравнения: сельский учитель получал зарплату около 430 рублей в год.